Penyediaan antibodi dan penyediaan piawaian: Terdapat dua pilihan untuk penyediaan antibodi. Satu adalah untuk menapai dan membersihkan sel perumah mengikut proses pengeluaran yang ditetapkan, dan kemudian mengimunkan haiwan dengan protein HCP yang diperoleh untuk menyediakan antibodi; pilihan lain ialah mengeluarkan antibodi daripada larutan stok sel perumah yang diperolehi melalui proses dan kemudian mengimunkan haiwan tersebut. Penyediaan piawai boleh diubah menjadi sel perumah menggunakan plasmid kosong, dan ditapai dan disucikan mengikut proses pengeluaran yang ditetapkan.
Pembersihan hiliran: Secara amnya, pemulihan produk rekombinan yang dinyatakan dalam sistem sel kultur bermula dengan penuaian cecair kultur sel (HCCF), diikuti dengan satu siri langkah pemprosesan hiliran (DSP). Langkah DSP ini bukan sahaja membenarkan pemulihan produk, tetapi juga menekankan penyingkiran kekotoran berkaitan proses (termasuk HCP) dan kekotoran berkaitan produk (seperti agregat). Hasil akhir ialah protein rekombinan dengan tahap HCP kurang daripada 100 ppm dan agregat imunogenik berat molekul tinggi kurang daripada 5%.
Pencirian dan kuantifikasi HCP: Kaedah yang paling banyak digunakan untuk pencirian dan kuantifikasi HCP ialah ujian imunosorben berkaitan enzim (ELISA); dengan perkembangan teknologi proteomik, kaedah ortogonal berbanding ELISA, seperti elektroforesis perbezaan pendarfluor dua dimensi (2D-DIGE), spektrometri jisim kromatografi cecair (LC-MS) dan teknologi spektrometri jisim lain boleh digunakan untuk pencirian dan analisis HCP , dan boleh dengan lebih objektif dan menyeluruh mengesahkan kekhususan pengesanan HCP ELISA dan liputan HCP sebenar. Kini, dengan mengambil teknologi 2D-DIGE sebagai contoh, langkah pengesanan HCP diringkaskan: ambil dua gel yang sama untuk melakukan elektroforesis dua dimensi pada sampel HCP yang disucikan yang sama, salah satunya digunakan untuk eksperimen immunoblotting, memindahkan protein HCP dalam gel ke membran, dan kemudian mengeram dan mengikat dengan antibodi HCP, mencuci dan mengimbas dengan ECL atau pendarfluor, dsb.; yang lain diimbas dengan pewarnaan perak; bintik-bintik protein dalam dua gel dipadankan dan dianalisis dalam perisian analisis khusus, dan keputusan liputan dikira.